Великолукский филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Петербургский государственный университет путей сообщения Императора Александра I» был создан в 1964 году как структурное подразделение (в то время Ленинградского института инженеров железнодорожного транспорта) для подготовки специалистов железнодорожного транспорта для работы на железных дорогах страны. С самого начала филиал был задуман как общетехнический факультет, где студенты обучаются на младших курсах 1-2 года, продолжая обучение на старших курсах в Санкт-Петербурге. Филиал начал работу при наличии четырех штатных преподавателей, на первый курс было принято 78 человек. Учебный процесс в филиале проходил и проходит параллельно по тем же учебным планам, что и в головном Университете, в Петербурге, по специальностям инженеров – механиков, строителей железных дорог, инженеров по управлению процессами перевозок. За полувековой период своей деятельности из стен филиала университета вышло более 25 тысяч начинающихся специалистов железнодорожного транспорта.
С октября 2013г. в состав филиала Университета входит структурное подразделение по подготовке специалистов со средним профессиональным образованием, созданное на базе Великолукского техникума железнодорожного транспорта имени К. С. Заслонова – филиала федерального государственного образовательного учреждения высшего образования «Петербургский государственный университет путей сообщения», который был открыт при Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороге 1 июля 1902 года на основании Высочайше утвержденного 1 апреля 1886 года «Положения об училищах, состоящих в ведомстве МПС и содержащихся на средства общего училищного фонда».
Великолукский филиал ПГУПС осуществляет свою деятельность на основе закона Российской Федерации №273-ФЗ от 29 декабря 2012г. «Об образовании в Российской Федерации», Федерального закона «О высшем и послевузовском профессиональном образовании» № 125 – ФЗ от 22.08. 1996г. (с последующими дополнениями и изменениями), Устава Университета, Положения о Великолукском филиале Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Петербургский государственный университет путей сообщения Императора Александра I» и других законов и нормативно-правовых актов Российской Федерации.
Совет филиала Университета. Выборный представительный орган, в состав которого входит директор филиала и его заместители, представители студенческого управления, представители ОАО "РЖД", представители ФГБОУ ВО ПГУПС, представители бухгалтерии, отдела кадров, отдела торгов, библиотеки, учебно-методического отдела ВО, отдела информатизации, общежития ВО, столовой ВО; общежития СПО, учебно-методического отдела СПО, учебно-производственного отдела СПО, отделения дополнительного профессионального образования, профессорско-преподавательского состава, преподавателей СПО. Решения, принимаемые Советом филиала, направлены на совершенствование работы вуза в учебно-воспитательном процессе, по развитию материальной базы филиала, развитию лабораторий и другие вопросы, связанные с деятельностью филиала Университета. Решения, принятые на заседаниях Совета, обязательны для исполнения. Председателем Учёного совета является директор.
Вопросы учебной, воспитательной, учебно-методической деятельности, работы по развитию учебно-материальной базы СПО, вопросы охраны труда решаются на заседаниях Педагогического совета СПО, который является совещательным органом управления при директоре филиала
Непосредственное управление всей деятельность филиала осуществляет директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности ректором Университета. В систему управления филиала университета входят заместители руководителя образовательного учреждения, отделы и другие структурные подразделения, выполняющие административно-хозяйственные функции. Эти структурные подразделения подчинены директору.